致畸因素的作用效应个体差异很大，受多个因素影响，包括母胎基因易感性，致畸因素的暴露量，暴露途径，暴露时间及是否存在多因素同时暴露及孕期疾病等。

• 基因易感性

母胎的基因表达影响致畸因素的效应，如叶酸代谢相关基因缺陷（MTHFR基因突变）易发生神经管缺陷、唇腭裂、及心脏畸形，孕前及孕早期叶酸添加可降低这些畸形的发生率； 胎儿环氧化物水解酶活性降低时，暴露于抗癫痫药物后体内的致畸性氧化代谢产物水平增加；致畸物的作用发挥有种族及性别差别，如白人中神经管缺陷较非洲裔美国人常见，唇裂在男性中发生率高于女性。

另外母体的基因表达及健康状况也和畸形发生有关，如畸形的发生和母体吸收及代谢致畸物的能力有关，另外母体疾病本身也可能是致畸因素。

• 剂量及时间长短

多数药物存在阈值效应，如剂量低于阈值时，致畸效应和未暴露的没有显著差别。有些药物单次大剂量比相同剂量分次作用时危害大，但是有些药物小剂量长时间作用危害更大，如一次饮用大量酒精较每日分次饮用同样的酒精危害更大，而偶尔的血糖显著升高较长时间的血糖中度升高危害小。

• 暴露途径

如有的药物经皮经皮肤给药无致畸影响，而全身吸收可能致畸，如氟康唑外用相对安全，而全身用药有潜在的致畸风险。

• 多因素协同作用

药物相互作用也很重要，药物同时作用可能产生协同效应，如抗癫痫药物与叶酸同时服用时可降低开放神经管畸形的发生风险。

• 暴露时间

先天缺陷的发生及致畸的类型和致畸物的暴露时间有关，致畸物作用于胚胎胎儿发育的不同阶段，易导致该阶段相关发育器官的畸形。

受孕后10~14天严重的致畸因素暴露可导致细胞死亡，如果死亡细胞数多，则可能发生自然流产，如果只有少量细胞破坏，它们的作用可能被其它细胞代偿，该时间段称为“全有全无期”。器官形成发生在胚胎期（胚胎期定义为受孕至孕10周[受孕后8周]），胚胎易受致畸因素影响。胎儿期眼睛、生殖器、中枢神经系统和造血系统等器官继续发育，致畸物也可导致细胞死亡或生长迟缓，或影响正常分化，导致胎儿生长受限或中枢神经系统功能紊乱（可能出生时表现不明显）等。

孕前暴露可能导致有害的基因突变，但目前尚有争议。女性卵子DNA复制发生在胎儿时，在排卵前许多年，而男性持续的精子形成使得对致畸因素易感而发生基因突变。